崔丽：中国科学院城市环境研究所，研究员，博导，国家优青。厦门大学学士和博士，英国牛津大学、兰卡斯特大学和瑞士伯尔尼大学访问学者。长期从事环境微生物单细胞新技术研发，及其在环境功能微生物的应用研究。已在Nat food、Sci Adv、PNAS，Angew，JACS，PNAS nexus，EST，Anal Chem等发表论文80余篇，应邀在Anal Chem和Trends in Anal Chem发表拉曼研究微生物的方法综述。担任美国微生物学会旗下杂志mSystems编辑，Chinese Chem lett、环境化学等编委。主持NSFC国家优青基金、微塑料专项项目、重大研究计划，以及中科院从0到1原始创新项目等10余项，参与NSFC创新群体研究项目。

环境微生物单细胞分析。针对环境微生物污染监测防控（病原菌、抗生素耐药性）和生物资源调控利用（新污染物如微塑料降解菌、植物促生抗逆菌），研发微生物单细胞拉曼和荧光光谱技术，创新稳定同位素和荧光标记策略及人工智能算法，构建功能微生物识别-分选-测序-培养单细胞综合平台；研究病原菌和耐药菌的环境分布、传播和阻控；探索环境有益微生物的筛选、培养及合成菌群构建，为生物污染监测与功能利用提供新技术与系统解决方案。

1.Zhu, L.; Yang, Y.; Xu, F.; Lu, X.; Shuai, M.; An, Z.; Chen, X.; Li, H.; Martin, F. L.; Vikesland, P. J.; Ren, B.; Tian, Z. Q.; Zhu, Y. G.; Cui, L., Open-set deep learning-enabled single-cell Raman spectroscopy for rapid identification of airborne pathogens in real-world environments. Sci Adv 2025, 11, (2), eadp7991.

2.Li, H. Z.; Peng, J.-J.; Yang, K.; Chen, Q.-L.; Zhu, Y.-G.; Cui, L., Single-cell exploration of active phosphate solubilizing bacteria across diverse soil matrices for sustainable phosphorus management. Nat. Food 2024, 5, 673-683.

3.Yang, K.; Xu, F.; Zhu, L.; Li, H.; Sun, Q.; Yan, A.; Ren, B.; Zhu, Y. G.; Cui, L., An Isotope-Labeled Single-Cell Raman Spectroscopy Approach for Tracking the Physiological Evolution Trajectory of Bacteria toward Antibiotic Resistance. Angew. Chem. Int. Ed. 2023, 62, (14), e202217412.

4.Li, H. Z.; Yang, K.; Liao, H.; Lassen, S. B.; Su, J. Q.; Zhang, X.; Cui, L*.; Zhu, Y. G*., Active antibiotic resistome in soils unraveled by single-cell isotope probing and targeted metagenomics. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2022, 119, (40), e2201473119.

5.Cui, L.; Xin, Y.; Yang, K.; Li, H.; Tan, F.; Zhang, Y.; Li, X.; Zhu, Z.; Yang, J.; Kao, S.-J.; Ren, B.; Zhu, Y.-G.; Musat, F.; Musat, N., Live tracking metabolic networks and physiological responses within microbial assemblages at single-cell level. PNAS nexus 2023, 2, (3), pgad006.

6.Zhu, L.; Li, R.; Yang, K.; Xu, F.; Lin, C.; Chen, Q.; Zhu, D.; Sun, Q.; Zhu, Y.G.; Cui, L.*, Quantifying health risks of plastisphere antibiotic resistome and deciphering driving mechanisms in an urbanizing watershed. Water Res. 2023, 245, 120574.

7.Qin, Y.; Shi, Z.; Zhu, L.; Li, H.; Lu, W.; Ye, G.; Huang, Q.; Cui, L., Impact of Airborne Pathogen-Derived Extracellular Vesicles on Macrophages Revealed by Raman Spectroscopy and Multiomics. Environ. Sci. Technol. 2023, 57, (42), 15858-15868.

8.Li, R.; Zhu, L.; Yang, K.; Li, H.; Zhu, Y.G. Cui, L.*, Impact of Urbanization on Antibiotic Resistome in Different Microplastics: Evidence from a Large-Scale Whole River Analysis. Environ. Sci. Technol. 2021, 55, 8760-8770.

9.Xu, L.; Yue, X. L.; Li, H. Z.; Jian, S. L.; Shu, W. S.; Cui, L.; Xu, X. W., Aerobic Anoxygenic Phototrophic Bacteria in the Marine Environments Revealed by Raman/Fluorescence-Guided Single-Cell Sorting and Targeted Metagenomics. Environ. Sci. Technol. 2024, 58, (16), 7087-7098.

10.Li, H. Z.; Li, W. J.; Wang, Z. J.; Chen, Q. L.; Jensen, M. K. S.; Qiao, M.; Cui, L., Integrating Multiple Bacterial Phenotypes and Bayesian Network for Analyzing Health Risks of Pathogens in Plastisphere. Anal. Chem. 2024, 96, (28), 11374-11382.

11.Yang, K.; Chen, Q.-L.; Chen, M.-L.; Li, H.-Z.; Liao, H.; Pu, Q.; Zhu, Y.-G.; Cui, L., Temporal Dynamics of Antibiotic Resistome in the Plastisphere during Microbial Colonization. Environ. Sci. Technol. 2020, 54, 11322-11332

12.Lin, W.; Li, R.; Cao, S.; Li, H.; Yang, K.; Yang, Z.; Su, J.; Zhu, Y.-G.; Cui, L., High-Throughput Single-Cell Metabolic Labeling, Sorting, and Sequencing of Active Antibiotic-Resistant Bacteria in the Environment. Environ. Sci. Technol. 2024, 58, (40), 17838-17849.

13.Lin, W. F.; Zhao, K. Q.; Wu, Q. H.; Xu, F.; Cui, L.; Lin, H. R.; Ye, C. S.; Yu, X., Biofilms on pipelines shape the microbiome and antibiotic resistome in drinking water. Water Res. 2025, 274.

14.Qin, Y. F.; Guo, Z. H.; Huang, H. N.; Zhu, L. T.; Dong, S. J.; Zhu, Y. G.; Cui, L*.; Huang, Q. S*., Widespread of Potential Pathogen-Derived Extracellular Vesicles Carrying Antibiotic Resistance Genes in Indoor Dust. Environ. Sci. Technol. 2022, 56, (9), 5653-5663.

15.Li, H. Z.; Zhu, D.; Lindhardt, J. H.; Lin, S. M.; Ke, X.; Cui, L., Long-Term Fertilization History Alters Effects of Microplastics on Soil Properties, Microbial Communities, and Functions in Diverse Farmland Ecosystem. Environ. Sci. Technol. 2021, 55, (8), 4658-4668.

1. 国家自然科学基金-微塑料专项（2224100012），基于合成菌群的环境微生物强化靶向消减与控制原理，2023.1-2026.12，270万，主持

2. 中国科学院基础前沿科学研究计划从0到1原始创新项目（ZDBS-LYDQC027），基于单细胞的抗生素耐药性研究，2019.9-2023.12，300万，主持

3. 国家自然科学基金-优秀青年科学基金（21922608），基于拉曼光谱的环境生物分析，2020.1-2022.12，130万，在研，主持

4. 福建省自然科学基金-攻青项目：基于高通量单细胞光谱的环境抗生素耐药菌 快速监测及转移风险研究，2024-11-01至2027-11-01，80万，主持

5. 国家重点研发计划基础科研条件与重大科学仪器设备研发重点专项-高通量拉曼流式细胞分选仪（2022YFF0713101）,2023.05-2027.04，120万，子课题负责人

6. 国家自然科学基金面上项目（217060137），基于单细胞拉曼研究抗生素耐药性从环境菌向人类病原菌的传播机制和风险，2022.1-2025.12，60万，主持

7. 国家自然科学基金重大研究计划-培育项目（91851101），基于单细胞拉曼-15N2稳定同位素标记解析水圈固氮微生物及其固氮活性，2019.1-2021.12, 80万，在研，主持

8. 国家自然科学基金面上项目（21777154），基于单细胞拉曼-重水标记的环境抗生素抗性菌识别和抗性产生过程研究，2018.1-2021.12，65万，主持

9. 国家自然科学基金面上项目（21173208）,表面增强拉曼光谱原位研究滤膜表面生物膜的形成机制及影响因素, 2012.1—2015.12，60万，主持

10. 国家重点研发计划项目子课题（2017YFD0200201），肥料磷在我国南方土壤中的转化过程及机制，2017.7-2020.12，90万，子课题负责人

11. 中科院青年创新促进会会员基金, 2014. 1-2017. 12, 50万，主持